阿笠博士带着少年侦探团的成员们去露营。半夜小岛元太去上厕所的时候正好发现灰原在打电话，然而当第二天小岛当着大家面问灰原和谁打的电话的时候灰原确矢口否认了。
众人都没有再当回事，但是这种事当然被柯南悄悄留意了。
回去的途中，柯南一行人去参观了西多摩市的双子摩天大楼，却意外地发现了琴酒的踪迹。这可把柯南吓了一下跳，黑衣组织是柯南和灰原的最大敌人，如果被他们发现柯南和灰原就是工藤新一和宫野志保，不但他们性命难保，还会危害到周围的亲人，但是琴酒他们为什么会出现在双子摩天大楼呢，柯南也暂时想不明白。
不久，西多摩市出现了连续杀人案，柯南忙于调查案件，也暂时淡忘了琴酒的事。
然后有一天夜里，阿笠博士被自己的打鼾声惊醒（囧），发现睡在旁边的灰原不见了！原来，灰原又在打电话！联想起露营回来时小岛的话，阿笠博士意识到了问题的严重性。她现在应该没有人可以打电话了才对，难道是对组织的恐惧感，迫使她想再回到组织去？阿笠博士把自己的想法告诉了柯南。
柯南虽然告诉阿笠博士不要担心，其实自己已经决定先处理这件事了，毕竟他们的安全是最重要的，如果被黑衣组织发现就糟了。当天晚上，灰原像往常一年半夜起来，穿着睡衣和拖鞋，去楼下打电话。可是刚说了两句话，就被早已埋伏在一旁的柯南一把拔出了电话线。
“工藤…”
“果然是打电话给你姐姐，打到你姐姐宫野明美生前偷偷租的房间里
的电话。”
阿笠博士也恍然大悟：“你是想跟死去的姐姐说话。”柯南：“我不是不了解你的心情，可是不管怎么说都太危险…”灰原再也忍不住了“我的心情谁也不会了解的！”说完就冲出了房间。
灰原靠着墙壁，眼泪不由自主地流了下来。女孩就是这样，有的事情，明明知道危险，却还是忍不住要做，总是盼望着，这一次应该不会有事吧，这一次是最后一次。殊不知，多少惨痛的教训就是因为这样才发生的。
灰原不知道，如果柯南再晚几秒钟拔下电话线，琴酒他们就成功追踪到他们的位置了。但是柯南知道，外表冷漠的高中同学，内心是多么孤独，没有安全感。自从和她相依为命的姐姐宫野明美被害死了之后，灰原就再也找不到依靠了，每天面对的只有一个孤独的自己。
所以柯南出来了，默不作声的站在她旁边，轻拍着她的肩。这时的灰原也放下了一切矜持，放声大哭起来。半个小时过去了，灰原终于停止了发泄。
柯南知道她哭完虚弱，搀着她说：“好了，以后不许做这么危险的事了，回去吧。”灰原却没有要走的意思，犹豫了一下，说“工藤，我知道我这次做的事很危险，我不该这样做，以后再也不会了。”“嗯，那就好。”“这次真的对不起，你，处罚我吧…”柯南一下子愣住了，处罚？
自己从来没想过要处罚她。不过话说回来，做出这样的事，给她点处罚也是应该的，问题是，怎么处罚呢。灰原似乎看出了他的想法“跟我来吧。”灰原带着柯南来到空地的长椅旁。大半夜的，周围一个人也没有。
灰原一边招呼柯南坐下一边说：“姐姐虽然是我唯一的亲人，但是对我却很严格。小时候我做错了事情，她就会重重地打我屁股。每次挨打，我都哭得很厉害。我虽然很怕被姐姐打屁股，但是她却让我觉得很温暖，有人关心。有姐姐的时候，我就什么也不怕。”说完乖巧地趴在柯南腿上“灰原知道错了。”
可怜的柯南到现在还有点蒙，没办法，这个，太突然了。好吧，先定定神，嗯，明白了。也对，他们现在都是一年级的小孩子，要惩罚当然是打屁股了。好吧，免得她以后又心血来潮想给姐姐说话，做出这么危险的事，被琴酒发现就麻烦了。希望她能记住这次惩罚，以后不再做类似的事。
嗯，打定主意了，“好，你犯了这么大的错误，打你50下屁股，行不？”“行”。你觉得一年级的柯南力气应该很小是吗？噢不，柯南就是一年级时的工藤新一呀，工藤是个喜欢运动的人，足球水平可以达到职业运动员水平，平时锻炼会少吗？再加上经常要和坏人搏斗，柯南的力气要比同龄的小孩大很多。“啪—啪—啪—”三下下去，灰原忍不住叫出声来，想不到柯南力气都快赶上当时的宫野明美了。
可是灰原毕竟是经常挨打的孩子，刚才叫出声也只是惊讶柯南的力气之大。柯南开始并不生灰原的气的，哪只打了几下后，他开始生气了。仿佛腿上这个女孩不再是他的高中同学，而是一个小妹妹，或是小女儿，她因为任性，不懂事，做了危险的事，险些连累大家。柯南越想越生气，“真该好好教训她一下”不知不觉的大的力气越来越大。
开始还能忍得住，后来柯南每打一下，她都要小声叫一下。50下很快过去了，灰原觉得自己两边屁股上火辣辣的疼，当然这并不算重，数目毕竟不多。柯南看她没有立刻爬起来，而自己也觉得有什么地方不对，问道：“灰原，你姐姐平时就是这么打你的吗？”“不，她都是退了我的裤子，直接打在光屁股上，而且比这下数多。”柯南知道自己为什么觉得有地方不对了，原来是打的不够，没有起到效果，灰原压根就没哭呢，只是叫了几声。
“那我可以像你姐姐那样打你吗？”灰原轻轻点了点头，她信得过柯南，而且，大家都是小孩子嘛。柯南看见刚才灰原因为扭动身体，脚已经从拖鞋里出来了，踩在旁边的草地上，就顺手把她的腿也放到了长椅上，这样灰原就从原来的弯着腰变成了平趴。
柯南轻轻地拉下了她的睡裤。尽管事先有所准备，灰原还是很紧张地抖了一下。月光洒在灰原娇小的身体上，圆滚滚的臀部上有几处颜色与别处不同，显然是刚才打红的。“灰原，你这次做错了事，所以要处罚你，再打你50下，希望你以后可以不再犯错，免得屁股受苦”，柯南觉得教训几句会对她比较有用。
“嗯，我会的”“啪、啪、啪、啪、啪”，柯南这次已经决定痛打灰原一次了，上来就是重重的打，而且速度明显比刚才快了。而对灰原来说，光着屁股挨打显然要比刚才隔着睡裤痛很多，柯南每一下打下去，她都觉得火辣辣的疼痛传遍全身。她好想躲，但是手刚动了一下就被柯南看出来了，立刻把她的手放到了她背后，这一下，一种无助袭上灰原心头，她明白了这次惩罚是躲不过了。
“啪、啪、啪”灰原终于受不住了，眼泪流了出来，叫疼也直接变成了求饶“啊，我错了，工藤，知道屁股疼了”“我不敢了，真的不敢了，原谅我吧”“柯南，饶了我吧，我受不住了”。柯南也心软了，曾经那么高傲的女生现在趴在他腿上，哭得梨花带雨，可是才打了四十下。难道就这样算了？
稍歇片刻，灰原渐渐止住了哭声。“灰原，还差十下呢，我不想说话不算。”“嗯，这是我应得的。”柯南刚想继续，突然看见躺在地上的灰原的塑料拖鞋。一只手按着灰原的手，柯南用另一只捡起了其中一只拖鞋。“灰原，最后十下我希望打的重一点，用这个。”柯南扬了扬手中的拖鞋。灰原看到他手中的拖鞋吃了一惊，但是仍然说：“柯南说怎么打就怎么打。”然后回过头趴好，不再说话。
“啪~”第一下重重的打下去，“啊~”灰原发出一声惨叫，拖鞋和巴掌毕竟不是一个重量级的，这次却没有求饶。因为在灰原心里，已经有那么一个人，可以让她宁愿把心交给他。她内心的壁垒，已经轰然倒塌。“啪~啪~啪~”拖鞋一下一下，不疾不徐的打着。此刻的灰原仍在流泪，流的却是幸福的泪。